A Escola Nacional do GNCOC surgiu a partir de um anseio geral dos promotores de Justiça, preocupados em implementar a cultura de organização e compartilhamento de dados sobre casos reais investigados pelos Ministérios Públicos estaduais. Sua criação foi anunciada durante a comemoração dos dez anos do GNCOC, que aconteceu em Belo Horizonte, no mês de março de 2012.
O primeiro curso foi promovido em junho de 2012, em Fortaleza, e reuniu membros do Ministério Público do Ceará, que atuam na área criminal. O curso ofereceu módulos de Técnicas de Investigação; Interceptação telefônica, telemática e ambiental; Lavagem de Dinheiro e Blindagem Patrimonial; Inteligência como ferramenta à investigação criminal; Gestão de Casos – Corrupção e improbidade administrativa e o reflexo no Direito Penal.
Em seu primeiro ano de atuação, foram realizados diversos cursos. No período de julho a novembro de 2012, a Escola Nacional percorreu os estados do Ceará, Rio Grande do Norte, Rondônia, Rio Grande do Sul, Piauí e Minas Gerais.
Em 2013, a Escola Nacional realizou cursos no MP do Amazonas, Pernambuco e Maranhão, respectivamente nos meses de abril, maio e junho.