Grupo Operacional
Tem por objetivo estabelecer as operações a serem desenvolvidas pelos Ministérios Públicos no sistema de integração em âmbito regional e/ou nacional. É composto pelos coordenadores dos Grupos de Atuação Especial de Combate ao Crime Organizado (GAECOs) dos estados.
Grupo Estrutural
Sua atribuição é orientar e acompanhar as unidades estaduais no sentido de trazer uniformidade de estrutura para enfrentamento do crime organizado, bem como realizar um diagnóstico nacional. Também tem atribuição de promover pesquisas de apoio ao Grupo Operacional. É composto por integrantes dos Gabinetes de Segurança Institucional(GSI) dos Ministérios Públicos estaduais, que são órgãos de inteligência dos MPs.
Escola Nacional do GNCOC
Destina-se a promover a qualificação de membros e servidores dos Ministérios Públicos Estaduais no enfrentamento ao crime organizado e combate à corrupção. Tem como objetivo contribuir para a qualificação dos membros para ingresso e atuação nos GAECOS e GNCOC.
A Escola é composta por membros convidados para participarem, alternando, de acordo com suas disponibilidades e liberação dos estados, além de instituições parceiras do Ministério Público.